Description

Nous recherchons un bioinformaticien qui étudiera les interactions cellulaires médiées par les ligands et les récepteurs qui sous-tendent le développement du cortex cérébral chez la souris, en analysant en profondeur des ensembles de données transcriptomiques spatiales d’âges différents.

Nous avons un poste de doctorant à pourvoir dans l’équipe Développement cortical à l’INMED (Marseille) pour étudier les ligands et les récepteurs qui contrôlent collectivement le développement stéréotypé du cortex cérébral. Le projet est basé sur notre propre atlas d’ARNseq monocellulaire (scRNA-seq), encore non publié, qui déduit des interactions ligand-récepteur significatives entre tous les sous-types neuronaux au cours du développement cortical de la souris (17 âges entre E11 et l’âge adulte), dans des modèles de souris témoins et autistes (souris Neurod2 KO). Cependant, la prise en compte de la position et de la distance relative entre les paires de types cellulaires au cours du temps reste à faire pour que notre atlas trie les communications intercellulaires médiées par les ligands et les récepteurs les plus significatives d’un point de vue biologique. Le projet vise à combler cette lacune importante en intégrant des expériences de transcriptomique spatiale basées sur l’Hybridation par fluorescence in situ multiplexée et robuste à l’erreur (MERFISH) à nos ensembles de données développementales scRNA-seq déjà réalisées, chez des souris témoins et des souris Neurod2 KO. Nous combinons la MERFISH, des analyses computationnelles de pointe et des « validations de ligands/récepteurs » in vivo via des électroporations in utero de plasmides de gain/perte de fonction ou des injections d’AAV.

Veuillez envoyer votre candidature officielle (CV, lettre de motivation, 2 références) ou vos questions à antoine.de-chevigny@inserm.fr. Le poste restera ouvert jusqu’à ce qu’il soit pourvu.

 

Nature de finanement

A*Midex ou Labex

Profil recherché

Nous recherchons des candidats motivés, fortement intéressés par le neurodéveloppement et ayant une expertise avérée en bio-informatique (un M2 bio-informatique ou un niveau équivalent est un prérequis).
Compétences requises :
1. Maîtrise des langages de programmation tels que R et Python.
2. Connaissance approfondie et/ou expertise dans l'analyse de données transcriptomiques, y compris RNA-seq, RNA-seq unicellulaire, et/ou transcriptomique spatiale.
3. Bonne compréhension des techniques mathématiques pour l'analyse de données multidimensionnelles.
Le candidat retenu consacrera plus de 75 % de son temps à la partie laboratoire sec du projet, à l'analyse des données MERFISH/scRNA-seq intégrées. Vous travaillerez dans un environnement multidisciplinaire composé d'experts en bioinformatique et en analyse d'images, ainsi que de neurobiologistes. Le poste est financé par AMiDex Aix-Marseille Université pour une durée de 3 ans et devrait débuter entre octobre et décembre 2023.

Employeur

Notre équipe fait partie de l’Institut de Neurobiologie de la Méditerranée (INMED), situé dans le magnifique Parc National des Calanques. L’INMED est un environnement scientifique très stimulant, avec des groupes de recherche qui s’intéressent à l’organisation fonctionnelle et structurelle des circuits neuronaux soutenant la cognition dans des contextes sains ou pathologiques.